2009年，申请国家自然科学基金项目509项，获各类项目资助152项，申请教育部各项课题和基金39项，新增国家“973”首席科学家资助项目1项，入校自然科学研究经费突破2亿元人民币。“高效微纳化学电源”实验室被批准为2009年度立项建设的教育部重点实验室。
全年新立项哲学社会科学研究课题360余项，其中教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目3项，人文社会科学重点研究基地重大项目12项，入校哲学社会科学研究经费达5294.69万元，首次突破5000万元。27个项目获第五届高校社科研究优秀成果奖。制定实施了《人文社会科学研究机构管理办法》。成立中国首家跨文化交流研究院，承担了一批我国文化发展的研究和培训项目。
饶子和在《自然》刊发高水平科研论文，有关项目入选2009年度“中国高校十大科技进展”。俞耀庭领衔的“高性能血液净化医用吸附树脂的创制”获国家科技进步奖二等奖。陈力领衔的“中药丹参基因组三倍化优势利用技术”经评定达先进水平。陈威等人的论文入选2008年中国优秀百篇最具影响国际学术论文。5位教授当选教育部科技委学部委员。
陈茹玉、李正名和黄润秋获中国农药工业突出贡献奖，李庆诚获国家“发明创业奖”，王磊获第二届“谈家桢生命科学创新奖”，叶丽虹获第四届“新世纪巾帼发明家”荣誉称号，戚安邦及其研究团队获2009年度国际项目管理协会研究大奖，王崇颖被国际孤独症研究协会授予“发展中国家专业人士奖”。
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