今人最常看到的《西游记》版本是人民文学出版社的整理本。这个整理本的底本是明代万历二十年刊刻的“世德堂本”。不过，这个刊本没有标明作者，只是署了“华阳洞天主人校”的字样。
清代刊行的《西游证道书》，卷首有一篇序，署名元代文人虞集。序文讲：“有衡岳紫琼道人持老友危敬夫手札来谒，余于流连浃月。道人将归，乃出一帙示余曰：‘此国初邱长春所纂《西游记》也，乞公一序以传。’”“国初邱长春所纂”，指明作者就是全真道教的丘处机。《西游记》里又有很多与道教有关的文字，所以此说一出，很多人都相信。
不过，清代乾隆年间一位叫吴玉搢的人在《山阳志遗》里提出《西游记》是吴承恩所著：“天启旧志列先生(指吴承恩)为近代文苑之首，云‘性敏而多慧，博极群书，为诗文下笔立成，复善谐谑(剧)，所著杂记几种，名震一时’。初不知杂记为何种书，及阅《淮贤文目》载《西游记》为先生著……书中多吾乡方言，其出淮人无疑。”他把《西游记》的最终著作权给了吴承恩，理由有两点：一是天启年间的地方志记载着吴承恩的著作有《西游记》，二是小说《西游记》的语言接近于苏北(吴承恩家乡)方言。
吴承恩生活于明中叶的嘉靖、隆庆至万历时期，字汝忠，号射阳山人，淮安府山阳人。能够证明他是《西游记》作者的最直接材料就是《淮安府志·艺文志》中的记载：“吴承恩《射阳集》四册卷，《春秋序列传》《西游记》。”此外，如吴玉搢所说“书中多吾乡方言”，《淮安府志》中所说的“文笔颇佳”“复善谐剧”云云，也都说明吴承恩与百回本《西游记》作者的应有情况非常吻合。吴承恩曾经还创作过一部志怪小说《禹鼎志》，在卷首的序中，自道心声：“余幼年既好奇闻……尝爱唐人如牛奇章、段柯古辈所著传记，善模写物情，每欲作书对之……”好奇述异，也与《西游记》的创作心理相吻合。所有这些都增加了吴承恩作为《西游记》作者的可信性。鲁迅的《中国小说史略》、胡适的《西游记考证》都采取了此说。于是，吴承恩著《西游记》便逐渐成为一种基本的文学常识。
1933年，俞平伯先生曾对此提出过质疑。到了七八十年代，日本学者太田辰夫、矶部彰，中国学者章培恒也先后撰文反对吴承恩的著作权。这一派学者认为，《淮安府志·艺文志》中除书名外，并没有提供吴承恩所著《西游记》的任何版本、回目信息。清朝藏书家黄虞稷所著《千顷堂书目》中，吴承恩的《西游记》被列入舆地类(即地理类)。而从传统目录学角度看，府志中一般也不会收录小说类作品。加之吴承恩晚年曾远赴荆王府任职，从家乡淮安到湖北荆王府，确为向“西”而游，因此，有些学者认为吴氏的游记《西游记》和神魔小说《西游记》很可能是同名异书。
这些质疑拓展了《西游记》作者研究的视野。还有一些学者提出了其他新见解，如认为世本序者陈元之就是作者，或提出校者华阳洞天主人是小说的作者。也有学者指出华阳洞天主人就是明代的“青词宰相”李春芳。但这些新说因缺乏直接材料证明，多半还属假说，无法落实。
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