先生见到清末国势衰颓，分析它的原因，主要犯着五病：曰愚、曰弱、曰贫、曰散、曰私。愚则人民的知识不开，弱则民族的体魄不强，贫则生产力不振，散则团结力不固，私则只顾个人利益，没有国家民族思想。今天如要想振兴中国，唯有兴办新教育，灌输新思想，培植新人才。所以他在创办南开学校，培植学生时，要力矫以上五病。他的教育方法，首重在以下五个方面：

　　一、培养新道德。力矫时弊，严禁学生吸食鸦片、酗酒、嫖妓、赌博和早婚；凡有违犯的，都予开除。在教室楼一进门处，立着一面大镜子，旁书镜铭，写道：“面必净，发必理，衣必整，纽必结，头容正，肩容平，胸容宽，背容直，气象勿傲、勿暴、勿怠，颜色宜和、宜静、宜庄。”每星期三下午，有修身班，召集全体学生在大礼堂，给同学们讲如何做人做事读书救国之道，同时也旁及国内国外大事。有时也请一些学者来给学生讲一些时事问题，为了增长学生们的课外知识，灌输一些新思想，提高学生们的新道德观念。

　　二、提倡科学知识。力矫千百年来八股文对于中华民族思想的毒害，大力提倡科学知识，介绍西方科学文明，灌输新思想。在科学研究中，尤其注重科学实践。先生在南开中学创立的一开始，就从日本买来物理、化学实验仪器多种，教给学生们作为亲手实验之用。当时有西人到南开来参观，认为在他们国内的一般中学里，能有这样设备的也不多。

　　三、注重体育锻炼。要想强国，必须先要有体格强健的人民，这样才能担当起建国的重任。西方列强和日本，它们国势所以强盛，主要是它们的人民具有强健的体格。那时西洋人都说我们是东亚病夫，这样我们还如何能和它们争强。先生有见于此，所以平时训练学生，首先加强课内课外的体育锻炼，对于各种体育运动的设备方面，也是发展得不遗余力。在历年各届国内国外运动会上，南开的学生都有出色的成绩。

　　四、培养组织能力。为了训练学生的组织能力和办事能力，指导学生多做课外组织活动，组织各种团体，如各种学术研究会、演讲比赛会、出版刊物、创办新剧团和音乐研究会、体育队等等，使得学生在幼年时，就过惯团体生活，加强团结思想。同时还教育学生，不但要会读书，而且还要会办事。

　　五、灌输爱国思想。国家要图强雪耻，百年重任，首在于培植新人，所以对于学生们，从他们幼年时，就给他们灌输着爱国主义思想，教他们终身不忘，以便将来毕业以后，出来做事时，凡事都能联系到国家民族的利益，用意是深远的。