东北大学创建于1923年，从1928年起，由张学良兼任校长，但不直接负责校务。由于管理不善及人事矛盾，1930年年底，发生了副校长请辞离去事件。这样，东北大学就遇到了无人掌校的难题。张学良决心改造东大，请了东北籍的南开学生宁恩承出任秘书长，并代理校长职务。张学良此举不仅是将东大全权交给宁负责，更是看重宁背后的南开教育背景，希望借重南开的力量重新梳理东大。在经过深思熟虑，并亲赴天津听取了张伯苓的意见后，刚刚30岁的宁恩承便接受了任命。

　　宁恩承从1931年3月正式接任，至当年“九一八”事变发生，全校疏散入关，虽然只有短短的半年时间，却让东大发生了翻天覆地的变化，成为一所师资雄厚、管理完善的名校。这期间，张伯苓对于东北大学的建设给予了全面有力的支持。不但派出南开“四大金刚”之一的孟琴襄到东大襄助校务，而且义务担任东北大学委员会常务委员，每次会议必自掏腰包，亲赴参加，给出了很多建设性的指导意见。

　　按照章程，校委会每年于3月、6月、9月、12月举行四次，1931年3月第一次会议为成立大会，第二次会议由于校务待议事项较多，提前至5月21日举行。除了这两次亲赴辽沈，张伯苓于中间的4月份还去了一次，是为了平息学生风潮迫宁辞职之事。宁恩承甫接校务，有一番自己的打算和作为，可是年轻气盛，遇事稍显急躁，正赶上学生们因之前积累的不满而闹情绪，两厢较真，宁恩承愤然求去。他还一直兼任着东边实业银行总稽核，这么一闹，打算索性回边行干自己擅长的金融业。这可急坏了其他常委，4月18日晚，张伯苓接到急电，请其速去“挽劝，迟则难救”，并且要他先给已回边行的宁发电报，稳住其本人。张伯苓紧急处理了手头事务，坐上夜车，于22日早晨到达沈阳。经过对宁恩承的一番勉劝，宁终于答应留下来，完成使命。24日，校委会召集学生代表开会，张伯苓进行演说，对学生一番抚慰，化解了宁与学生之间的僵局，最后大家表示互相体谅，“欢然散会，风潮遂告平息”。宁恩承当年在南大读书时，就是一风云人物，曾经因为他的一篇文章，掀起了南大教授罢教、学生罢课的风波，当时张伯苓用高超的教育智慧巧妙地化解了风波。此次东大风潮过后，张伯苓致函张学良汇报此事，言“伊(即宁恩承)在南开时亦曾闹过小风潮，我未尝罚过，今亦不令对诸生有所处罚。不过此等办法只此一次，再则必不能容，甚至请校长解散，亦无不可”。正是张伯苓对天下学子发自内心的爱护及有底限的包容，才能一次次化解僵局。

　　三月之中三赴辽沈，不但力挺宁恩承度过了初掌校务的不稳定期，还协助为东大制定了切实可行的发展计划。据《东北大学校刊》载，第二次校委会议定诸多事项，首将发展全校体育列为要途，这自然是与南开重视体育的教育特色一脉相承的。另外，从招生、图书仪器配备、学校财政预算分配等各个方面都进行了规定。有了孟琴襄的办事能力，张学良的财力支持，张伯苓的声望相助，及南开成功的办学模式为样板，宁恩承大刀阔斧进行改革，学校很快就见起色。此时的东北大学，“无论以言建筑之雄伟，以言设备之完善，以言师资之一流，以言体育之发展，以言经费之充盈，俱可称全国之最”。

　　“九一八”事变后，东大内迁，南开大学特别为东北流亡学生提供借读名额，并在生活上给予照顾，五年之中，共有约七十余人在南大借读完成学业。

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