616名考生通过审核并确认报名。今年南开大学自主招生首次划分九大门类，通过笔试、面试着重选拔认同南开“公能”素质教育理念、具有学科特长和创新潜质的优秀高中毕业生。招生计划数不超过学校2016年本科招生计划总数的5%，即不超过180人，拟认定合格人数不超过自主招生计划的1.5倍。
在笔试过程中，校长龚克，校党委副书记、副校长杨克欣巡视了考场，检查了考务工作情况，并看望了现场工作人员。在面试环节，为了确保考核的公平公正，面试专家、考生进考场后先上交手机，面试过程全程录像，专家名单和面试顺序由抽签随机确定，防止暗箱操作。所有招录工作均在南开大学本科招生委员会的监督下开展，学校纪检部门全程参与，接受社会监督和投诉。
招生专业划分为数学类、物理学类、化学类、生物环境类、医学类、信息技术类、人文科学类、社会科学类、外国语言文学九个专业类别，考生只可选报一个专业门类，每个专业门类下可报考1-3个具体专业。具体报考条件为：高中阶段在全国中学生学科奥林匹克竞赛(数学、物理、化学、生物、信息)中获得省赛区一等奖及以上；在文学、语言类竞赛中获全国决赛一等奖及以上；对人文创作有浓厚兴趣，有较好的社会科学素养和逻辑思维能力，曾经独立完成过较高水平的文史类作品、社会科学类项目并取得优秀成果；在科技创新方面有突出才华并取得一定成果的高中毕业生。学校通过考查不同专业类别考生的逻辑思维、语言表达、创新意识等方面能力，全面了解学生的学科特长和创新潜质。
南开大学招生工作领导小组根据考生综合成绩(笔试成绩占60%，面试成绩占40%)，分专业门类由高到低排序确定入选名单、入选专业和优惠分值，入选考生高考总分(含附加分)达到当地同科类一本线及以上可享受相应优惠政策。学校将根据获得自主招生入选资格的考生专业志愿、高考成绩总分(含附加分)、经公示的优惠分值、入选专业和学校模拟投档线决定录取与否。模拟投档线由生源地省级招办按照本科一批招生所有高校在该省(区、市)最终确定的投档比例测算生成。
