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中国的抗日战争是一场全民族的抗战。在国难当头之时，具有爱国传统的南开大学更不例外，上至老校长张伯苓，下至广大师生都特别关心国事，充满了国家兴亡匹夫有责的爱国情怀。南开大学为抗战作出了巨大牺牲，涌现出许多抗战英烈和动人事迹。
1937年7月29日当张伯苓在南京得到报告，南开被日军全部炸毁，他向记者发表谈话：“敌人此次轰炸南开，被毁者为南开之物质，而南开之精神，将因此挫折而愈益奋励。”这个谈话给予劫难中的南开师生以极大的振奋，也是对全国民众、对各地校友表达决心，团结奋起，为国家、为抗战贡献力量。
张伯苓得知儿子张锡祜在抗战中为国捐躯的消息后，写道：我本人出身水师，今老矣，每以不能杀敌报国为恨，而今吾儿为国捐躯，可无遗憾了。张伯苓老校长在敌寇入侵、国家危难、南开被毁和幼子牺牲的沉重打击下，没有屈服，没有沉溺于悲痛，而是化悲痛为力量，努力发展南开教育，响应国民教育部的号召，坚持南开与北大、清华合作办学，和衷共济，直到抗战胜利。
西南联大学生出于爱国热忱，抗战八年中曾有3次较大规模的参军热潮。先后曾有众多学生为了保卫祖国而投笔从戎，其中还有牺牲的烈士。在国立西南联合大学纪念碑碑阴铭刻的联大期间从军学生名录中，有南开籍学生8名，他们是：黄振威、边立本、徐璋、陈毓善、杨育文、魏宗华、张华栋、倪民有。另外还有：
查良铮（1918-1977），笔名穆旦，诗人、翻译家，南开大学外文系教授。1940年在西南联大毕业后留校任教。1942年2月，24岁的查良铮响应国民政府“青年知识分子入伍”的号召，以助教的身份报名参加中国入缅远征军，在中国军队中，以中校翻译官的身份随军进入缅甸抗日战场，亲历滇缅大撤退，经历了震惊中外的野人山战役，于遮天蔽日的热带雨林穿山越岭，扶病前行，踏着堆堆白骨侥幸冲出野人山。后查良铮根据入缅作战的经历，创作了中国现代主义诗歌史上的著名诗篇——《森林之魅——祭胡康河上的白骨》。
申泮文（1916-），中科院院士，南开大学化学学院教授。1935年在天津南开中学毕业，考入南开大学化工系。1937年，日军炸毁南开后，毅然投笔从戎，南下参加南京国民政府的中央军校教导总队，曾在淞沪一线参加战斗。后辗转随长沙“临时大学湘黔滇旅行团”步行迁徙到昆明，在老师杨石先和黄钰生的帮助下复学于西南联大，1940年毕业于西南联大化学系。
申泮文于1947年到南开大学任教，新中国成立后他筹建了无机化学教研室并开展了无机化学的科研工作，为该专业奠定了学科基础。由于他的教学科研成果突出，于1980年当选为中国科学院化学学部委员。长期以来，申泮文在广大师生中积极倡导继承和发扬南开爱国主义教育的优良传统。“七七事变”纪念日，在校园内展示他收藏和制作的南开校园毁于日军轰炸及日军侵华罪行的图片展板，以此激发学生的爱国爱校情操。
黄仁宇（1918-2000），美籍华人，著名历史学家，著有《万历十五年》和《中国大历史》，1936年考入南开大学理学院机电工程系。抗战爆发后，黄仁宇辍学加入中国军队，1940年自成都中央军校毕业后，任陆军第十四师排长及代理连长，1943年加入驻印军，任新一军上尉参谋，1944年5月曾在缅甸密支那负伤，受颁陆海空军一等奖章。《缅北之战》是黄仁宇在抗战时期的战地报告，是记录中国抗日远征军在缅北进行会战的实录，是研究缅北战争的第一手资料。黄仁宇时任驻印军新一军军长郑洞国的上尉参谋并撰写战地通讯，发表在《大公报》上，1945年由上海大东书局结集出版，成为作者的第一本“著作”。
在抗日战争中牺牲的南开烈士有：
陈镜湖烈士（1901-1933），字印潭，号小秋，化名李铁然。陈镜湖于1918年考入天津直隶省立第一中学，1922年毕业，同年8月考入南开大学文学院。1923年，经李大钊介绍，陈镜湖与于方舟等同志一起加入中国共产党，是中共早期党员。
1924年1月，陈镜湖受党的派遣，到爱国将领冯玉祥的西北军内任支队长，在内蒙古地区从事党的地下工作。1925年起，他先后担任中共热河工委负责人、国民革命军热河民军司令、中共内蒙特委书记等职务。九·一八事变后，陈镜湖领导热察绥地区的抗日救亡工作。1933年初，他奉党的指示，到张家口以抗日同盟军参议的身份，参与冯玉祥领导的察哈尔省抗日同盟军的筹备工作。5月12日在去张北县点验抗日武装途中，陈镜湖遭到当地反动民团袭击，不幸牺牲，年仅32岁。1933年冯玉祥在张家口建成“民众抗日同盟收复察东失地阵亡将士纪念塔”，铭刻在石碑上阵亡将士名录第二位的即是“参议：陈镜湖”。
陈镜湖同志披肝沥胆，把年轻的生命献给了人民的革命事业，然而烈士的英名在历史的尘埃中却整整湮没了半个世纪！直到1981年，同乡在火车上看到王逸伦同志的革命回忆录《路漫漫》中，多处提到陈镜湖的名字，并转告其家人。后在政府的高度重视下，经过党史工作者的不懈努力，烈士的光辉业绩终于昭告于世。
何懋勋烈士（1917-1938），又名何方。1935年他考入南开大学商学院。何懋勋爱好文艺，擅长演讲，在校期间曾组织“白云诗社”，出版诗集。他学习成绩优异，思想进步，积极参加“一二·九”爱国学生运动，并加入“中华民族解放先锋队”。抗战爆发后，他进入长沙临时大学读书，继续开展多种形式的抗日宣传活动。
1937年11月，上海、太原先后沦陷，何懋勋响应中国共产党的号召，投笔从戎，北上抗日。1938年3月经武汉八路军办事处介绍，赴鲁西北抗日根据地参加抗日救亡工作，任青年抗日挺进大队参谋长。1938年8月，鲁西北抗日武装为配合保卫武汉，组织了济南战役，挺进队全体同志坚决要求参战。8月28日何懋勋奉命率青年抗日挺进大队进驻齐河坡赵庄，遭到日伪军四五百人的突然袭击，在血战中，因寡不敌众，何懋勋英勇牺牲，时年21岁。
何懋勋等人牺牲后，灵柩运到山东聊城东关华佗庙停灵3天，由挺进队全体队员守灵，当地机关团体及城乡群众络绎不绝前往吊唁。何懋勋牺牲后，与他同年入学的文学院学生刘兆吉于1939年写了两幕话剧《何懋勋之死》，以纪念烈士。昆明师范学院（西南联大旧址）烈士纪念碑于1995年12月1日树立，纪念碑基座上镌刻着为人民解放、国家富强而献身的27位英烈名录，他们为民族独立、自由和新中国的革命事业献出了宝贵的生命。其中，列在第一位的即是何懋勋。
倪民有烈士（1922-1950），抗日战争期间考入昆明西南联大化工系，于1944年度下学期响应国民政府号召志愿从军。抗战胜利后，倪民有于1946年11月到天津南开大学化工系复学，于1948年毕业，获理科学士学位，解放前在江苏无锡的一所中学任教。1949年无锡解放后，倪民有毅然投笔从戎，决心到祖国的西南去，为解放那里的人民、建设新中国的大西南贡献自己的力量。他参加了中国人民解放军西南服务团，经集训后被编在川南支队二大队四中队，当年10月初，随第二野战军进军大西南。
1949年底，川南支队经长途跋涉到达内江，立即投入了接管、剿匪、征粮、建政等工作。倪民有被分配到内江县史家区一个乡，任征粮工作组组长。由于他忘我的积极工作，较好地完成了征粮任务，于1950年2月3日被任命为内江县人民政府税务局东兴税务所所长。倪民有清楚地认识到征税与征粮具有同样的重要性。当时内江的匪患十分猖獗，在新的工作岗位上，他不顾个人安危，抓紧时间，首先完成糖税的征收。2月4日早晨，倪民有带领一名随行人员到十多里外的五龙寺检查工作时，突遭一股匪徒的袭击，因匪徒人多被俘，被押到匪巢五龙寺里严刑拷打至折骨断筋，血肉模糊。倪民有坚强不屈，怒视匪首，最后被土匪枪杀而壮烈牺牲，时年28岁。倪民有虽然倒下了，但他这种大无畏的革命精神，为继续建设大西南的战友们树立了光辉的榜样。
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