目前，学术界广泛关注科研投入及科研经费使用问题，这些突出问题可以归结为十大矛盾，本文尝试提出相应的化解对策措施，进一步优化科研经费管理，充分发挥科研资金效益。
一是科研投入方向上重视科学规划与轻视自由探索的矛盾。
在科研投入方向上，重科研规划，轻自由探索。伟大的科学成就并不是通过组织和计划取得的。科学研究具有探索性、不确定性和首创性等重要特性，具体科学规划不容易做得准确无误，重大的科学研究发现，往往具有偶然性。国家科研发展规划不能覆盖所有领域，允许并鼓励自由探索，以弥补科学规划不周造成的错漏。
二是科研资源分配上过度集中与适度分散的矛盾。
科技管理部门分工不清，各类科技计划名目繁多、定位趋同，有限科技资源分散重复配置、效率不高。科技部有科技支撑计划、“973”计划和“863”计划，中科院有知识创新工程，发改委、教育部、工程院和自然科学基金委也都有各自的科技计划。各部门对知名研究机构及科研人员“抢着给钱”，资源就过分集中在少数机构少数人手里。PI(Prin-cipleInvestigator，学术带头人)的过度资助与大量一般科研人员的资助不足同时存在。实践证明，科研资源过度集中的效果并不突出，应减少重大重点项目，杜绝捆绑式、拉郎配的“伪大科学”，增加自由探索的面上项目。
三是科研投入总量与投入结构的矛盾。
近年来，R&D总经费增长年均速度为20%以上，远远超过同时期GDP的增长速度。但这种增长似乎对中国的科学研究没有起到应有的强大的推进作用。因此，在投入结构上存在一定问题，该投入的没有投入或投入过少。比如R&D投入在基础研究、应用研究和开发三方面没有实现合理的比例分配，基础研究投入偏低。在保住投入总量的同时，应改善投资结构，把国家有限资金用在刀刃上。
四是科技投入比例上竞争性经费过高与保障性经费过低的矛盾。
据财政部教科文司的统计，中央级科研经费中竞争性经费的比例一度达到接近80%的比例。由于保障性经费投入不足，大部分科学家都被迫投入大量的时间和精力去参加各种项目竞争，科研工作本身时间和精力逐步被压缩。应适度提高保障性经费，降低竞争性经费，保证科研人员投入的时间和精力。建立适合基础研究特点的长期稳定资助模式，如采用年薪制，为科研人员潜心从事研究提供基本保障。
五是科研投入效益上的投入与产出不成比例的矛盾。
科研的投入与产出并不正相关。既有投入大产出少的情况，也有投入少产出大的现象。如果一个学者获得经费资助的级别不高，经费数量不多，甚至没有经费资助，但也能产生同样的甚至更大的效益，应该说这样的学者创造性更强，贡献更大，更应得到肯定。实际上不然，获得项目本身就是莫大功劳，得到相关部门承认，有成果没有课题资助的反而得不到承认，这会导致重申报、轻结题的不良现象。实行“以奖励代申请”制或“成果购买”制更有合理性。
六是科研项目的手段与目的倒置的矛盾。
科研院所把申请的国家经费额度和级别作为考核科研人员工作业绩的一项重要指标，也是研究机构参与各种竞争的指标。科研基金被异化为政绩，获得基金资助的目的，不再是为科研，更多的是为了政绩，获得基金资助本身就是成功。科研人员每天的工作目标不再是如何能够取得良好的科研成果，而变成了如何取得科研经费。科研经费和论文数成为科技领域的GDP。
七是科研产出的评价上论文至上与忽视应用导向的矛盾。
长期以来，科研人员的研究题目来自论文、产出也是论文、评价依据还是论文的“论文导向”得到各界广泛认可。这种以论文论英雄的做法具有很大局限性，鼓励纸上谈兵，只管“课题完成―验收合格―获得奖励―束之高阁”的内部封闭循环，对提升我国的产业竞争力也不利。应转变到“问题导向”的原创性研究和“产品导向”的应用性研究。事关国家重大战略需求的规划专项，本来用来从事应用开发的，不能最后发几篇论文交差结题。鼓励产学研结合，有助于真正确立以企业为主体的技术创新体系，进而克服科技经济“两张皮”的问题。
八是科研管理上学术共同体弱势与行政主导强势之间的矛盾。
中国科研投入主体和最终受益主体仍然是国家，但国家是抽象的，科技管理官员作为国家的代理人，如果没有一定的制度约束，难以从国家利益出发考虑问题。如果人情大于规则，私利重于良知，那么科研资源配置往往不是凭业绩分配而是凭关系分配，科研人员的主业就会由科研转向拉项目、搞关系。国家课题指南只能来自真正的“国家重大需求”，而不是基于自身利益的需求而自导自演：自己撰写课题指南，自己申请项目，自己验收成果。建立公开、透明的重大项目遴选机制，实现学术共同体的自治，对于哪些是最前沿的最需要资助的，学者应该有一个共识，做出战略性的科研方向判断。真正按照科技项目的专业水平及其意义来进行竞争和选择，使优势课题胜出。
九是科研经费使用中刚性与弹性的矛盾。
科研人员争取到的每笔科研费用都要执行严格的预算制，在申请项目经费时就会明确各项经费的具体数目，只允许执行过程中有10%的微调。然而，许多项目的执行时间较长，加上科学研究的一些不可预见性，往往很难与预算时的情况相符。
十是科研经费使用中人本与物本的矛盾。
科研经费使用中“见物不见人”，经费的90%左右，是用来购买仪器设备和支付材料费、会议费、出差费的；只有10%左右用于劳务费和专家咨询费，劳务成本太低。造成购买了大量使用效率低下的设备，而作为生产力最活跃要素的“人”却得不到相适应的补偿。有的科研人员不得不采取种种手法套取科研经费。提高劳务费开支比例势在必行。
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