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第二届“学会杯”生物信息学竞赛南开获佳绩

来源: 南开新闻网     发稿时间: 2017-10-21 23:02

  南开新闻网讯(通讯员 江姗姗)近日,浙江省生物信息学学会“学会杯”生物信息学竞赛决赛在宁波医学院举行。本届比赛有来自中美两个国家的几十所高校的25支代表队参赛,南开大学生科院派出了由2名研究生和2名本科生组成一支队伍,经过激烈的竞争,晋级决赛。在决赛中,由南开大学代表队自主命题的参赛作品《大数据挖掘回文与互补回文小RNA》获得了竞赛铜奖,并获得了本次竞赛唯一的最高效率奖。

  “学会杯”生物信息学竞赛是由浙江省生物信息学学会主办的国际性生物信息学竞赛,主要面向高校在校生(包括硕士生、博士生),通过优化的方案设计和程序运用来解决科研中的生物信息问题。

  回文模式的特征是正反读取的核酸序列完全一样,互补回文模式的特征是正向读取的核酸序列与反向读取的核酸序列呈碱基互补配对的关系,在哺乳动物病毒基因组中,回文与互补回文模式所占比例远远高于其他基因组。2017,南开大学高山等通过大数据挖掘在国际上首次发现并定义了回文小RNA(psRNA)与互补回文小RNA(cpsRNA)。基于以上研究,南开大学参赛队对哺乳动物病毒基因组中的回文模式与互补回文模式进行了大数据挖掘,并对一个最重要的来自SARS冠状病毒的互补回文小RNA(SARS-CoV-cpsRNA)进行了初步的功能验证。

  2002年,SARS(严重急性呼吸道综合征)于在中国广东首发,并扩散至东南亚乃至全球,形成一次全球性传染病疫潮。后来的研究表明,SAR病毒源于蝙蝠,后经过果子狸等猫科动物最终传染给人类。目前SARS的感染和致病机制研究仍旧集中在蛋白质层次,而且未能有效解释其对生物体的巨大破坏性来源(即鉴定致病位点)。于是,社会上引起SARS是某大国开发的针对中国人的病毒武器的谣言。

  南开大学高山等通过进化与功能结合分析的方法,用互补回文小RNA确定了引发SARS疫潮的突变种是来自自然界进化(即符合蝙蝠-果子狸-人的传播模式),而不是来自人为设计的病毒武器。但是,如果互补回文小RNA确实在感染或致病中能够起到如此大的效果,通过设计互补回文小RNA有利用这一机制制造病毒武器的可能性。因此,后期的功能研究至关重要。

 

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