2009年，学校继续实施教育质量提升战略。“基础学科拔尖学生培养试验计划”方案基本形成，正在逐步推进实施。修订《本科学生学则》，新增“学业警示”、“处分期间”等制度。“商业银行管理学”、“社会心理学”、“马克思主义基本原理概论”、“结构化学”、“环境学基础”5门课程被评为国家级精品课程。《近代化学导论(第二版)》入选2009年度普通高等教育精品教材。“南开大学近代化学教材系列”、“当代大学生母语教育的理念创新、资源建设与大学语文课程改革”等7项成果获第六届国家级教学成果奖。“大学物理实验教学团队”和“微生物学类课程教学团队”入选国家级教学团队。申泮文和李维安获第五届国家级教学名师奖。王磊被评为“全国模范教师”，寇清杰被评为“全国优秀教师”和“全国高校优秀思想政治理论课教师”。李维安获全国“五一”劳动奖章。
学校启动307项“百项工程”项目以及6项“‘两会’提案”项目，60项国家大学生创新型实验计划项目批准立项。设立博士生国际学术交流基金。3篇论文入选全国优秀博士学位论文。博士生李清彬获首届孙冶方“青年菁英奖”。
强化师德学风建设，出台了《处理学术不端行为暂行办法》，调整成立了新的学风建设委员会，加强对师德楷模的宣传，倡导严谨规范的学术行为与沉潜务实的学术风气。
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