在七月二十八日午夜到二十九日，日军自海光寺兵营，用炮火密集轰击八里台南开大学，轰了一夜，第二天白日又用飞机投掷大量炸弹轰炸，轰炸过了之后，日军兵车开进，把未炸平的楼房倒上火油来烧。在中学部也是一阵飞机轰炸，然后再倒上火油烧。总计这一场，把大学部秀山堂、木斋图书馆、芝琴楼女生宿舍、单身男教员宿舍楼和其他一部分平房宿舍炸烧夷为平地。把中学部南楼、西楼和小学部的教室楼也都炸了又烧，化作废墟。大学部有由大钟寺迁来的一口大钟，重一万八千斤，上面刻有全部《金刚经》，是一件具有历史价值的文物，也被日军拉走，熔做枪炮子弹，用来破坏中国建设、屠杀中国人民。过后又有日本特务，带着几个朝鲜人，乘着日本军车，到先生家里来捉人。因为家里的人事先都已逃走了，只得把家里未搬走的衣物，掠抢了些，扬长而去。

　　彼时先生在南京，闻听天津南开大、中、女、小四部校舍被毁，一惊一痛，悲从中来。四十年惨淡经营，一草一木，皆是亲手建起，今日一旦被毁，化为乌有，三千名学生弟子，尽作风流云散，悲痛交加，一时几难自持。但是先生秉性是坚强的、乐观的，他当时坚毅地说道：“我深信中华民族是不会灭亡的，南开学校是为了救中国而产生，因为救中国而遭到强敌所嫉，因此被炸、被烧、被毁，这都是意料中的事。只要中华民族存在一日，南开也必存在一日，我们继续地努力干吧！”他的精诚，感动了当时的一般社会人士，大家都在争先恐后地为重庆南渝中学捐款，所以在一个很短的时期内，就添建校舍，发展到一千五百多学生。为了保存南开学校的传统精神，符合社会各方人士和南开校友们的愿望，把重庆南渝中学更名为重庆南开中学。一时这个中学成了战时中国的典范，它象征着新中国的复兴，所有国外人士到中国来，都要先参观一下重庆南开中学，会一会张伯苓校长这个人物。