清宣统三年(1911)秋，武昌起义，学生纷纷请假回家，学校的课业因此也停顿了。因为请领经费无着，教职员都停发薪金，仅留会计二人和工友数人留守。

　　转年，大清王朝告终了，民国建立，正当公元一九一二年。政府颁布采用阳历，改旧历正月十三日为阳历三月一日。三月二日天津兵变，即所谓正月十四兵变，到四月里平定了才得开学。经费由学务公所补助，每月折合银币一千零六十元，定每年十月十七日为校庆日。

　　民国三年，当公元一九一四年，又并入了直隶省工业专门学校和北洋法政学校两校附设的中学班，经费更有所增加，于是又添建校舍，一天天地发展起来。

　　民国六年，当公元一九一七年，先生因为教育救国，急不容缓，中学既经建立起来，更有志于创办大学教育。以前曾经两次试办过专门科和高等师范班，均以种种困难而停办，于此遂下定决心，作更深一步地研究大学教育。遂二次启程去美国，入哥伦比亚大学师范班，研究教育，同时遍游美国各地，考察他国内各私立大学的组织和设施。翌年冬归国，就开始筹备大学部的成立。

　　民国八年，公元一九一九年，北京掀起了五四学潮，开启了中华民族新思潮的一页。天津各校学生，群起响应，以南开中学学生为主干，游行示威请愿。手持标语旗，口呼：“打倒日本帝国主义！取消二十一条！还我山东！还我青岛！”队伍游行到天津城东南角，与日本租界交界处，学生呼口号更激烈。日军在交界处，布置防御工事，架铁丝网，排设机关枪，如临大敌，情势极为紧张。那时天津警察厅长是杨以德，派军警围捕请愿的代表，拘捕了四十多人，其中有周恩来、马骏、马千里、时子周、夏琴西、孟震侯、陶尚钊、尚菊子、李燕豪等。(注：周恩来1917年从南开中学毕业后，赴日本求学，1919年回国，在天津参加五四运动，组织觉悟社，同年9月，入南开大学文科学习。1920年1月29日，周恩来带领南开等校学生到直隶省公署请愿，被反动当局逮捕。同年7月17日，反动当局迫于社会压力释放周恩来等人。)

　　就在一九一九年秋天，在现今的南开中学旁边，建起了一座楼，筹设南开大学，这所楼后来作为中学部的课室楼，在抗日战争中，被日军烧炸破坏，夷为平地了。当时聘请教授，招收学生百余人(注：据档案记载，首批录取学生人数应为96人)，设文、理、商三科，是为南开大学的雏形。