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2014年11月上海自贸区在运行一年后完成了第三方评估工作，广东、天津、福建第二批自贸区的评估工作也将在成立一年后展开，这对客观与科学地评价自贸区战略在当前我国全面深化改革，特别是构建新型开放经济体制中的作用尤为重要。
首先，评估工作要建立在对中国自贸区的功能、性质与作用的深刻认识的基础上。世界上自贸区的基础形态都是海关特殊监管区，并在此基础上逐步发展升级为贸易物流型、出口加工型和综合功能型。中国自贸区的基础功能也是顺应了这一发展潮流，向综合功能型发展。除此之外，中国自贸区还特别叠加了两个重要的功能：一是离岸市场或中心，包括离岸金融与离岸贸易，尤其是当下在自贸区试行的自由贸易账户体系的最终目的是要建立人民币离岸金融市场；二是改革创新示范区，重点在于通过探索政府职能转变新途径，深化行政审批体制改革，完善市场功能，并为适应国际贸易投资新规则的演进探索经验与进行压力测试。
其次，要根据目前自贸区的总体框架与内容，评估各自贸区的特色与亮点。四个自贸区的主要任务与措施基本相同，包括政府行政体制改革、贸易便利化与转型升级、扩大投资开放与海外投资、金融开放与创新，此外还各自承担所在区域的协同发展与对接“一带一路”重大国家战略的功能。四个自贸区在进展与业绩上也各具特色和亮点，例如，上海自贸区的金融改革与开放、负面清单、单一窗口制度，广东自贸区的现代服务业开放和跨境电子商务。
再次，要构建科学的评估程序、体系与方法。在借鉴上海自贸区评估经验的基础上，建议评估体系从政府层面、企业层面和可复制、可推广三个方面展开。政府层面的评估主要包括创新度评估、完成度评估和透明度评估；企业层面的评估主要包括知晓度评估、受益度评估和满意度评估。评估方法主要包括定性评估与定量评估，前者通过专家评价、比较研究和调查问卷等方式进行主观和客观的评分，后者主要通过统计调查数据和主管部门业务数据测度一系列绩效指标。此外，还需要确定分项权重对不同层级的定性或定量评分进行加权汇总。
最后，要特别关注评估工作中的一些重点与难点问题。例如，做好政策措施盘点的基础性信息工作，设定以制度创新为基础的新考核指标，合理确立评估比较的基准，保障数据与信息来源，注重专项评估与重点评估，深入研究风险与安全评估问题，关注对实施国际贸易投资新规则压力测试的评估，等等。
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